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Spark Machine Learning p3 - 数据的获取、处理与准备

blairchen
spark

Publish：Sep 9, 2016
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《Spark Machine Learing》 Reading Notes ： Spark上数据的获取、处理与准备

MovieStream 包括网站提供的电影数据、用户的服务信息数据以及行为数据。

这些数据涉及电影和相关内容（比如标题、分类、图片、演员和导演）、用户信息（比如用户属性、位置和其他信息）以及用户活动数据（比如浏览数、预览的标题和次数、评级、评论，以及如赞、分享之类的社交数据，还有包括像Facebook和Twitter之类的社交网络属性）。

其外部数据来源则可能包括天气和地理定位信息，以及如IMDB和Rotten Tomators之类的第三方电影评级与评论信息等。

一个预测精准的好模型有着极高的商业价值（Netflix Prize 和 Kaggle 上机器学习比赛的成功就是很好的见证）

focus on

  • 数据的处理、清理、探索和可视化方法；
  • 原始数据转换为可用于机器学习算法特征的各种技术；
  • 学习如何使用外部库或Spark内置函数来正则化输入特征.

1. 获取公开数据集

UCL机器学习知识库

包括近300个不同大小和类型的数据集，可用于分类、回归、聚类和推荐系统任务。数据集列表位于：http://archive.ics.uci.edu/ml/。

Amazon AWS公开数据集

包含的通常是大型数据集，可通过Amazon S3访问。这些数据集包括人类基因组项目、Common Crawl网页语料库、维基百科数据和Google Books Ngrams。
相关信息可参见：http://aws.amazon.com/publicdatasets/。

Kaggle

这里集合了Kaggle举行的各种机器学习竞赛所用的数据集。
它们覆盖分类、回归、排名、推荐系统以及图像分析领域，可从Competitions区域下载：http://www.kaggle.com/competitions。

KDnuggets

这里包含一个详细的公开数据集列表，其中一些上面提到过的。
该列表位于：http://www.kdnuggets.com/datasets/index.html。

MovieLens 100k数据集

MovieLens 100k数据集包含表示多个用户对多部电影的10万次评级数据，也包含电影元数据和用户属性信息

http://files.grouplens.org/datasets/movielens/ml-100k.zip

ml-100k/ u.user（用户属性文件）、u.item（电影元数据）和u.data（用户对电影的评级）

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>unzip ml-100k.zip
  inflating: ml-100k/allbut.pl
  inflating: ml-100k/mku.sh
  inflating: ml-100k/README
  ...
  inflating: ml-100k/ub.base
  inflating: ml-100k/ub.test

u.user

user.id、age、gender、occupation、ZIP code

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>head -5 u.user
  1|24|M|technician|85711
  2|53|F|other|94043
  3|23|M|writer|32067
  4|24|M|technician|43537
  5|33|F|other|15213

u.item

movie id、title、release date以及若干与IMDB link和电影分类相关的属性

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>head -5 u.item
  1|Toy Story (1995)|01-Jan-1995||http://us.imdb.com/M/title-exact?Toy%20 Story%20(1995)|0|0|0|1|1|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0
  2|GoldenEye (1995)|01-Jan-1995||http://us.imdb.com/M/title- exact?GoldenEye%20(1995)|0|1|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|1|0|0
  3|Four Rooms (1995)|01-Jan-1995||http://us.imdb.com/M/title- exact?Four%20Rooms%20(1995)|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|1|0|0
  4|Get Shorty (1995)|01-Jan-1995||http://us.imdb.com/M/title- exact?Get%20Shorty%20(1995)|0|1|0|0|0|1|0|0|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0
  5|Copycat (1995)|01-Jan-1995||http://us.imdb.com/M/title- exact?Copycat%20(1995)|0|0|0|0|0|0|1|0|1|0|0|0|0|0|0|0|1|0|0

u.data

user id、movie id、rating（从1到5）和timestamp属性，各属性间用制表符（\t）分隔

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>head -5 u.data
196    242    3    881250949
186    302    3    891717742
22     377    1    878887116
244    51     2    880606923
166    346    1    886397596

2. 探索与可视化数据

IPython的安装方法可参考如下指引：http://ipython.org/install.html。

如果这是你第一次使用IPython，这里有一个教程：http://ipython.org/ipython-doc/stable/interactive/tutorial.html。

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>IPYTHON=1 IPYTHON_OPTS="--pylab" ./bin/pyspark

终端里的IPython 2.3.1 – An enhanced Interactive Python和Using matplotlib backend: MacOSX输出行表示IPython和pylab均已被PySpark启用。

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Welcome to
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     / __/__  ___ _____/ /__
    _\ \/ _ \/ _ `/ __/  '_/
   /__ / .__/\_,_/_/ /_/\_\   version 1.5.2
      /_/

Using Python version 2.7.10 (default, Jul 14 2015 19:46:27)
SparkContext available as sc, HiveContext available as sqlContext.

In [1]:

可以将样本代码输入到IPython终端，也可通过IPython提供的Notebook 应用来完成。Notebook支持HTML显示，且在IPython终端的基础上提供了一些增强功能，如即时绘图、HTML标记，以及独立运行代码片段的功能。

IPython Notebook 使用指南：http://ipython.org/ipython-doc/stable/interactive/notebook.html

2.1 探索用户数据

python
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user_data = sc.textFile("/Users/hp/ghome/ml/ml-100k/u.user")
user_data.first()
user_data.take(5)
python
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user_fields = user_data.map(lambda line: line.split("|"))
num_users = user_fields.map(lambda fields: fields[0]).count()
num_genders = user_fields.map(lambda fields: fields[2]).distinct().count()
num_occupations = user_fields.map(lambda fields: fields[3]).distinct().count()
num_zipcodes = user_fields.map(lambda fields: fields[4]).distinct().count()
print "Users: %d, genders: %d, occupations: %d, ZIP codes: %d" % (num_users, num_genders, num_occupations, num_zipcodes)

Output

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Users: 943, genders: 2, occupations: 21, ZIP codes: 795

matplotlib的hist个直方图，以分析用户年龄的分布情况：

age distribution

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ages = user_fields.map(lambda x: int(x[1])).collect()
hist(ages, bins=20, color='lightblue', normed=True)
fig = matplotlib.pyplot.gcf()
fig.set_size_inches(16, 10)

screenshow?key=15055650f47cff956148

occupation distribution

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count_by_occupation = user_fields.map(lambda fields: (fields[3], 1)).reduceByKey(lambda x, y: x + y).collect()

x_axis1 = np.array([c[0] for c in count_by_occupation])

y_axis1 = np.array([c[1] for c in count_by_occupation])

print x_axis1
[u'administrator' u'retired' u'lawyer' u'none' u'student' u'technician'
 u'programmer' u'salesman' u'homemaker' u'writer' u'doctor'
 u'entertainment' u'marketing' u'executive' u'scientist' u'educator'
 u'healthcare' u'librarian' u'artist' u'other' u'engineer']

print y_axis1
[ 79  14  12   9 196  27  66  12   7  45   7  18  26  32  31  95  16  51
  28 105  67]

plt.xticks(rotation=30)之类的代码 是 美化条形图

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pos = np.arange(len(x_axis))
width = 1.0

ax = plt.axes()
ax.set_xticks(pos + (width / 2))
ax.set_xticklabels(x_axis)

plt.bar(pos, y_axis, width, color='lightblue')
plt.xticks(rotation=30)
fig = matplotlib.pyplot.gcf()
fig.set_size_inches(16, 10)

screenshow?key=15057f015ac5712d9a83

Spark对RDD提供了一个名为countByValue的便捷函数

python
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count_by_occupation2 = user_fields.map(lambda fields: fields[3]).countByValue()
print "Map-reduce approach:"
print dict(count_by_occupation2)
print ""
print "countByValue approach:"
print dict(count_by_occupation)

2.2 探索电影数据

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movie_data = sc.textFile("/PATH/ml-100k/u.item")
print movie_data.first()
num_movies = movie_data.count()
print "Movies: %d" % num_movies

1|Toy Story (1995)|01-Jan-1995||http://us.imdb.com/M/title-exact?Toy%20Story%20(1995)|0|0|0|1|1|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0
Movies: 1682

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def convert_year(x):
  try:
    return int(x[-4:])
  except:
    return 1900
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movie_fields = movie_data.map(lambda lines: lines.split("|"))
years = movie_fields.map(lambda fields: fields[2]).map(lambda x: convert_year(x))

years_filtered = years.filter(lambda x: x != 1900)

movie_ages = years_filtered.map(lambda yr: 1998-yr).countByValue()
values = movie_ages.values()
bins = movie_ages.keys()
hist(values, bins=bins, color='lightblue', normed=True)
fig = matplotlib.pyplot.gcf()
fig.set_size_inches(16,10)

screenshow?key=150556f33e22a36bb651

2.3 探索评级数据

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rating_data = sc.textFile("/Users/hp/ghome/ml/ml-100k/u.data")
print rating_data.first()
num_ratings = rating_data.count()
print "Ratings: %d" % num_ratings
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rating_data = rating_data.map(lambda line: line.split("\t"))
ratings = rating_data.map(lambda fields: int(fields[2]))
max_rating = ratings.reduce(lambda x, y: max(x, y))
min_rating = ratings.reduce(lambda x, y: min(x, y))
mean_rating = ratings.reduce(lambda x, y: x + y) / num_ratings
median_rating = np.median(ratings.collect())
ratings_per_user = num_ratings / num_users
ratings_per_movie = num_ratings / num_movies
print "Min rating: %d" % min_rating
print "Max rating: %d" % max_rating
print "Average rating: %2.2f" % mean_rating
print "Median rating: %d" % median_rating
print "Average # of ratings per user: %2.2f" % ratings_per_user
print "Average # of ratings per movie: %2.2f" % ratings_per_movie

Max rating: 5
Average rating: 3.00
Median rating: 4
Average # of ratings per user: 106.00
Average # of ratings per movie: 59.00

Spark对RDD也提供一个名为states的函数。该函数包含一个数值变量用于做类似的统计：

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ratings.stats()

其输出为：
(count: 100000, mean: 3.52986, stdev: 1.12566797076, max: 5.0, min: 1.0)
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count_by_rating = ratings.countByValue()
x_axis = np.array(count_by_rating.keys())
y_axis = np.array([float(c) for c in count_by_rating.values()])
# 这里对y轴正则化，使它表示百分比
y_axis_normed = y_axis / y_axis.sum()
pos = np.arange(len(x_axis))
width = 1.0

ax = plt.axes()
ax.set_xticks(pos + (width / 2))
ax.set_xticklabels(x_axis)

plt.bar(pos, y_axis_normed, width, color='lightblue')
plt.xticks(rotation=30)
fig = matplotlib.pyplot.gcf()
fig.set_size_inches(16, 10)

screenshow?key=1505422e3494afb95855

各个用户评级次数的分布情况

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user_ratings_grouped = rating_data.map(lambda fields: (int(fields[0]), int(fields[2]))).groupByKey()

user_ratings_byuser = user_ratings_grouped.map(lambda (k, v): (k, len(v)))
user_ratings_byuser.take(10)

Out[91]:
[(2, 62),
 (4, 24),
 (6, 211),
 (8, 59),
 (10, 184),
 (12, 51),
 (14, 98),
 (16, 140),
 (18, 277),
 (20, 48)]
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user_ratings_byuser_local = user_ratings_byuser.map(lambda (k, v): v).collect()
hist(user_ratings_byuser_local, bins=200, color='lightblue', normed=True)
fig = matplotlib.pyplot.gcf()
fig.set_size_inches(16,10)

screenshow?key=15056b5ffb7672cee5d1

3. 处理与转换数据

非规整数据和缺失数据的填充

4. 从数据中提取有用特征

在完成对数据的初步探索、处理和清理后，便可从中提取可供机器学习模型训练用的特征。

特征（feature）指那些用于***模型训练的变量***。每一行数据包含可供提取到训练样本中的各种信息。

几乎所有机器学习模型都是与用向量表示的数值特征打交道；需将原始数据转换为数值。

特征可以概括地分为如下几种。

  • 数值特征（numerical feature）：这些特征通常为实数或整数，比如之前例子中提到的年龄。
  • 类别特征（categorical feature）：我们数据集中的用户性别、职业或电影类别便是这类。
  • 文本特征（text feature）：它们派生自数据中的文本内容，比如电影名、描述或是评论。
  • 其他特征：… 地理位置则可由经纬度或地理散列（geohash）表示。

4.1 数值特征

原始的数值和一个数值特征之间的区别是什么？

机器学习模型中所学习的是各个特征所对应的向量的权值。这些权值在特征值到输出或是目标变量（指在监督学习模型中）is very important。

当数值特征仍处于原始形式时，其可用性相对较低，但可以转化为更有用的表示形式。

如 (位置信息 : 原始位置信息（比如用经纬度表示的），信息可用性很低。 然若对位置进行聚合（比如聚焦为一个city or country），和特定输出 之间存在某种关联。

4.2 类别特征

将类别特征表示为数字形式，常可借助 k 之1（1-of-k）方法进行

比如，可取occupation 所有可能取值：

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all_occupations = user_fields.map(lambda fields: fields[3]). distinct().collect()
all_occupations.sort()

然可依次对各可能的职业分配序号（注意 从0开始编号）：

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idx = 0
all_occupations_dict = {}
for o in all_occupations:
    all_occupations_dict[o] = idx
    idx +=1
# 看一下“k之1”编码会对新的例子分配什么值
print "Encoding of 'doctor': %d" % all_occupations_dict['doctor']
print "Encoding of 'programmer': %d" % all_occupations_dict['programmer']

其输出如下：

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Encoding of 'doctor': 2
Encoding of 'programmer': 14

4.3 派生特征

从原始数据派生特征的例子包括计算平均值、中位值、方差、和、差、最大值或最小值以及计数。从电影的发行年份和当前年份派生了新的movie age特征的。这类转换背后的想法常常是对数值数据进行某种概括，并期望它能让模型学习更容易。

数值特征到类别特征的转换也很常见，比如划分为区间特征。进行这类转换的变量常见的有年龄、地理位置和时间。

如 ： 将时间戳转为类别特

电影评级发生的时间

[‘afternoon’, ‘evening’, ‘morning’, ‘morning’, ‘morning’]

4.4 文本特征

文本特征也是一种类别特征或派生特征

NLP 便是专注于文本内容的处理、表示和建模的一个领域。

介绍一种简单且标准化的文本特征提取方法。该方法被称为词袋（bag-of-word）表示法。

词袋法将一段文本视为由其中的文本或数字组成的集合，其处理过程如下。

bag-of-word

(1) 分词（tokenization）

首先会应用某些分词方法来将文本分隔为一个由词（一般如单词、数字等）组成的集合。

(2) 删除停用词（stop words removal)

删除常见的单词，比如the、and和but（这些词被称作停用词）。

(3) 提取词干（stemming）：

是指将各个词简化为其基本的形式或者干词。常见的例子如复数变为单数（比如dogs变为dog等）。提取的方法有很多种，文本处理算法库中常常会包括多种词干提取方法。

(4) 向量化（vectorization） ：

向量来表示处理好的词。二元向量可能是最为简单的表示方式。它用1和0来分别表示是否存在某个词。从根本上说，这与之前提到的 k 之1编码相同。与 k 之1相同，它需要一个词的字典来实现词到索引序号的映射。随着遇到的词增多，各种词可能达数百万。由此，使用稀疏矩阵来表示就很关键。这种表示只记录某个词是否出现过，从而节省内存和磁盘空间，以及计算时间。

提取简单的文本特征

参见 : http://www.ituring.com.cn/tupubarticle/5567

现在每一个电影标题都被转换为一个稀疏向量。

4.5 正则化特征

在将特征提取为向量形式后，一种常见的预处理方式是将数值数据正则化（normalization）。其背后的思想是将各个数值特征进行转换，以将它们的值域规范到一个标准区间内。正则化的方法有如下几种。

  • 正则化特征：这实际上是对数据集中的单个特征进行转换。比如减去平均值（特征对齐）或是进行标准的正则转换（以使得该特征的平均值和标准差分别为0和1）。
  • 正则化特征向量：这通常是对数据中的某一行的所有特征进行转换，以让转换后的特征向量的长度标准化。也就是缩放向量中的各个特征以使得向量的范数为1（常指一阶或二阶范数）。

向量正则化可通过numpy的norm函数来实现。具体来说，先计算一个随机向量的二阶范数，然后让向量中的每一个元素都除该范数，从而得到正则化后的向量：

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np.random.seed(42)
x = np.random.randn(10)
norm_x_2 = np.linalg.norm(x)
normalized_x = x / norm_x_2
print "x:\n%s" % x
print "2-Norm of x: %2.4f" % norm_x_2
print "Normalized x:\n%s" % normalized_x
print "2-Norm of normalized_x: %2.4f" % np.linalg.norm(normalized_x)

其输出应该如下（上面将随机种子的值设为42，保证每次运行的结果相同）：

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x: [ 0.49671415 -0.1382643  0.64768854  1.52302986 -0.23415337 -0.23413696
1.57921282  0.76743473 -0.46947439  0.54256004]
2-Norm of x: 2.5908
Normalized x: [ 0.19172213 -0.05336737  0.24999534  0.58786029 -0.09037871 -0.09037237  0.60954584  0.29621508 -0.1812081  0.20941776]
2-Norm of normalized_x: 1.0000

用 MLlib 正则化特征

Spark在其MLlib机器学习库中内置了一些函数用于特征的缩放和标准化。它们包括供标准正态变换的StandardScaler，以及提供与上述相同的特征向量正则化的 Normalizer。

比较一下MLlib的Normalizer与我们自己函数的结果：

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from pyspark.mllib.feature import Normalizer
normalizer = Normalizer()
vector =sc.parallelize([x])

在导入所需的类后，会要初始化Normalizer（其默认使用与之前相同的二阶范数）。注意用Spark时，大部分情况下Normalizer所需的输入为一个RDD（它包含numpy数值或MLlib向量）。作为举例，我们会从x向量创建一个单元素的RDD。

之后将会对我们的RDD调用Normalizer的transform函数。由于该RDD只含有一个向量，可通过first函数来返回向量到驱动程序。接着调用toArray函数来将该向量转换为numpy数组：

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normalized_x_mllib = normalizer.transform(vector).first().toArray()
#最后来看一下之前打印过的那些值，并做个比较：

print "x:\n%s" % x
print "2-Norm of x: %2.4f" % norm_x_2
print "Normalized x MLlib:\n%s" % normalized_x_mllib
print "2-Norm of normalized_x_mllib: %2.4f" % np.linalg.norm(normalized_x_mllib)

相比自己编写的函数，使用 MLlib内置的函数 更方便

4.6 用软件包提取特征

特征提取可借助的软件包有scikit-learn、gensim、scikit-image、matplotlib、Python的NLTK、Java编写的OpenNLP以及用Scala编写的Breeze和Chalk。Breeze自Spark 1.0开始就成为Spark的一部分了。Breeze有线性代数功能。

5. 小结

了解 如何导入、处理和清理数据，如何将原始数据转为特征向量以供模型训练的常见方法

This blog content follows the Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) license.

The permanent link to this article is：http://www.blairee.com/2016/09/09/spark/spark-machine-learning-p3/

updated on：Jun 28, 2021

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